En 2267, l'ambassadeur de la Fédération, a été envoyé à bord de l'U.S.S. Enterprise, en mission diplomatique en vue d'établir le contact avec la planète Eminiar VII.
Fox décide de négliger un signal provenant de la planète avertissant l'Enterprise de rester à distance, ce qui met la vie des membres d'équipage en péril lorsque le vaisseau est pris pour cible logique lors de l'une des attaques virtuelles émanant de Vendikar, Planète avec laquelle Eminiar VII est en guerre depuis plus de cinq siècles.
Après l'intervention radicale du capitaine Kirk qui détruit les ordinateurs avec lesquels cette guerre est menée, l'Ambassadeur Fox propose ses services de médiateur pour éviter une véritable guerre, et qui sait? Peut-être ramener la paix entre ces deux mondes.
L'Enterprise découvre le vaisseau cryogénique SS Botany Bay, après avoir reçu son appel de détresse automatique. Les habitants de ce vaisseau sont des réfugiés des guerres Eugéniques terrestres de la fin du 20ème siècle. Parmi eux se trouve Khan Noonien Singh, tyran qui a régné sur un quart de la Terre pendant cette période.