Il est l'une des septs victimes de l'explosion de la navette Challenger peu après son lancement le 28 janvier 1986. Les six autres astronautes étaient : Gregory Jarvis, Christa McAuliffe, Ronald E. McNair, Judith A. Resnik, Francis R. Scobee et Michael J. Smith.
Cette explosion fut provoquée par une fuite de gaz incandescent dans l'un des boosters, qui dirigea un courant de gaz très chaud vers le réservoir d'appoint rempli d'hydrogène liquide qui explosa.
Archer, accusé d'avoir aidé un colonie rebelle Klingonne, est déféré devant un tribunal. L'avocat de la défense, va essayer d'empêcher la peine de mort ou la perpétuité, auquel cas le Capitaine finirait ses jours dans la colonie miniere de Rura Penthe.