En 2267, l'ambassadeur de la Fédération, a été envoyé à bord de l'U.S.S. Enterprise, en mission diplomatique en vue d'établir le contact avec la planète Eminiar VII.
Fox décide de négliger un signal provenant de la planète avertissant l'Enterprise de rester à distance, ce qui met la vie des membres d'équipage en péril lorsque le vaisseau est pris pour cible logique lors de l'une des attaques virtuelles émanant de Vendikar, Planète avec laquelle Eminiar VII est en guerre depuis plus de cinq siècles.
Après l'intervention radicale du capitaine Kirk qui détruit les ordinateurs avec lesquels cette guerre est menée, l'Ambassadeur Fox propose ses services de médiateur pour éviter une véritable guerre, et qui sait? Peut-être ramener la paix entre ces deux mondes.
En mission pour inspecter un vaisseau Xindi abandonné sur une planète de jungle tropicale, Archer, Reed et Hoshi succombent à un virus qui mute leurs corps et leurs esprits en une forme de vie primitive, en fait celle des habitants depuis longtemps éteints de la planète.