L'Enterprise tente de retrouver l'origine d'une sonde spatiale inconnue qui s'est approchée des territoires de la Fédération puis a effectué une analyse spectrale du système terrien avant de faire demi tour. La sonde s'est auto détruite juste avant d'être interceptée. L'Enterprise remonte les trainées du système de propulsion. L'Enterprise détecte un autre engin sur la même trajectoire. Il vient vers eux, il est deux fois plus grand que l'Enterprise et de forme inconnue. A l'approche du vaisseau, l'Enterprise se trouve enfermer dans un globe énergétique. Il lui est impossible d'en sortir.
L'apparence du vaisseau en approche se transforme jusqu'à être reconnu comme étant 'Kukulkan' par Walking Bear un membre comanche de l'équipage. Le vaisseau ressemble étrangement à un divinité Maya ou Astèque. C'était une divinité porteuse du savoir ayant la forme d'un serpent ailé. Mc Coy, Scott, Walking Bear, Kirk sont soudain enlevés par le vaisseau inconnu. Une voix les met au défi de comprendre ce qu'il a créé et dans ce cas il se montera. Ils se trouvent transportés dans une cité antique qui est construite comme une énigme géante. Cette cité rassemble les caractéristiques de civilisations différentes, comme si chacune d'elles, lors de la visite de Kukulkan, n'avaient reçu qu'une partie de son savoir et avaient donc échouées. Personne n'ayant réussit à bâtir la cité parfaite, Kukulkan n'était jamais revenu. L'équipe résout l'énigme, et Kukulkan apparait. Il reproche aux humains de ne pas avoir accepté la paix qu'il leur offrait. Pendant ce temps Spock est parvenu à libérer L'enterprise. Kirk parvient à convaincre Kukulkan de la nécessité d'accepter la liberté des hommes. Il accepte de leur laisser suivre leur propre chemin.