Américain d'environ 40 ans, il est né en 2111. Physique (il a fait partie des scouts), il a un caractère assez rude et surtout, a une insatiable curiosité et un sens de la justice parfois difficile à allier avec son rôle d'officier de Starfleet.

Son père, décédé, était l'ingénieur Henry Archer, collaborateur de Zephram Cochrane et développeur de la technologie de distorsion 5 permettant enfin à l'humanité de se lancer dans l'exploration de l'espace profond. Jonathan est né et a été élevé pour devenir explorateur.
Il a passé toute sa vie sur Terre à San Francisco et rejoignit Starfleet dans les années 2130. C'est le premier capitaine aux commandes d'un vaisseau spatial d'exploration lointaine. Contrairement aux capitaines de Starfleet des siècles à venir, il affiche un émerveillement et une excitation à propos de toutes les choses qu'il découvre.

Il a une dent contre les Vulcains, qu'il accuse de freiner les progrès des humains dans l'exploration spatiale. Cependant, son officier en second est une Vulcaine, mais il est prêt à mettre de côté ses préjugés.

Il a un très grand sens du devoir et veille à noter méticuleusement tous ses faits et gestes dans son journal de bord. Il est conscient de tracer la ligne de conduite que suivront les capitaines des générations futures, mais malgré cela, il joue parfois les renégats et n'a pas peur de discuter les ordres et même quelquefois d'y désobéir s'il pense au plus profond de lui qu'il a raison....

Plus jeune, sur Terre, il jouait au waterpolo, dont il est resté admirateur comme Tucker en se tenant à jour des championnats. Il partage sa vie entre son navire et son chien, Portos : un Beagle qu'il a emmené à bord et qui couche dans sa cabine.