Né sur Terre à La Nouvelle-Orléans en 2332, Benjamin Lafayette Sisko passe son enfance dans le quartier français de ce port du Mississippi où son père dirige un restaurant créole.
De même que les autres enfants de la famille (parmi lesquels sa sœur Judith), Benjamin y joue chaque soir le rôle de « goûteur » des nouvelles recettes préparées par Joseph Sisko.
Le jeune garçon se passionne parallèlement pour le sport avec une prédilection pour le base-ball (dont il connaît les meilleurs joueurs professionnels jusqu'à la disparition de cette catégorie en 2042) et la lutte.
Lorsqu'il entre à l'Académie de Starfleet en 2350, Benjamin Sisko continue pendant quelques semaines à se faire téléporter chaque soir jusqu'au domicile familial afin d'y prendre ses repas en famille puis il finit par déroger quelque peu à la tradition paternelle et se mêle plus volontiers à ses condisciples (parmi lesquels Calvin Hudson, qui devient l'un de ses meilleurs amis), allant jusqu'à diriger l'équipe de lutte qui s'est constituée dans les rangs des cadets.
Après avoir effectué un stage d'observation sur la base stellaire 137 lors de sa dernière année d'études, il sort promu de l'Académie en 2354 et rencontre Jennifer (qui ne tardera pas à devenir sa femme) immédiatement après être devenu officier de Starfleet. L'une de ses toutes premières affectations le conduit sur la station Pelios où il fait la connaissance d'un Trill nommé Curzon Dax.
Il embarque à ses côtés à bord de l'U.S.S. Livingston NCC-34099 puis il est transféré à bord de l'U.S.S. Okinawa NCC-13958 sous le commandement du capitaine Leyton et participe alors aux combats entre la Fédération et les Tzenkethi.
Devenu lieutenant commander et premier officier du navire à la demande expresse de Leyton, Sisko conserve les mêmes fonctions à bord de l'U.S.S. Saratoga NCC-31911 (vaisseau à bord duquel il voyage en compagnie de son épouse et de leur fils Jake, né en 2355).
Ses affectations suivantes le conduisent quant à elles au sein des docks d'Utopia Planitia puis sur la station Deep Space Nine où il effectue la partie la plus importante de sa carrière.
Au tout début de l'année 2367, l'U.S.S. Saratoga est détruit lors de la bataille de Wolf 359 contre les Borgs. Jennifer Sisko ne survit pas à l'attaque menée par Locutus, laissant Benjamin totalement seul pour s'occuper de leur fils Jake.
Ce dernier accompagne finalement son père sur les chantiers martiens d'Utopia Planitia où l'officier sert durant près de trois ans (en travaillant notamment sur le prototype du Defiant, un vaisseau de la Flotte d'un tout nouveau type). En 2369, Ben Sisko est élevé au grade de commander et se voit confier la responsabilité de Deep Space Nine, nouveau nom donné à l'ancienne station minière Cardassienne Terok Nor installée en orbite de Bajor pendant l'occupation de cette planète. Peu enclin à s'enthousiasmer pour son nouveau poste, il s'aperçoit toutefois qu'un Vortex menant directement dans le Quadrant Gamma s'ouvre à quelques encablures de la station. Choisi par les entités habitant ce passage (les "Prophètes" de Bajor) en tant qu'Émissaire du peuple Bajoran, Sisko devient consécutivement une figure religieuse en même temps qu'il prend conscience des implications commerciales, diplomatiques et politiques de sa récente découverte. Passionné par une telle situation, cet homme au caractère bien trempé administre donc la station qui lui a été confiée, devient capitaine en 2371 et prend bientôt les commandes du Defiant, le petit bâtiment qu'il avait contribué à mettre au point quelques années plus tôt. Que ce soit dans le rôle d'officier supérieur de Starfleet ou dans celui d'Émissaire, Benjamin Sisko s'acquitte de toutes les tâches qui lui sont confiées avec une totale efficacité et une humanité teintée d'un mysticisme dont il se serait pourtant prétendu à l'abri avant sa rencontre avec les Prophètes.
Devenu veuf après seulement douze années de mariage, cet officier connaît quelques liaisons passagères avant de rencontrer en 2371 la ravissante Kasidy Yates, capitaine d'un vaisseau-cargo qui se révèle l'année suivante servir au transport d'armes destinées au Maquis. Les sentiments de Ben et de Kasidy survivent toutefois à cette crise et les deux amants se retrouvent dès la libération de la jeune femme pour ne plus se quitter jusqu'à leur mariage en 2375 (malgré l'opposition des Prophètes) tandis que Yates attend un enfant du capitaine de DS9.
Directement impliqué dans le long conflit qui oppose les forces du Dominion et de leurs nombreux sbires (les Cardassiens en tête) à celles de la Fédération et de leurs propres alliés au début des années 2370, Sisko reçoit en 2374 l'aide des Prophètes du Vortex Bajoran, lesquels exterminent les nombreux vaisseaux Jem'Hadars qui transitaient alors par cette voie. Sachant qu'il lui reste un prix très lourd à payer pour cette assistance inespérée, Sisko se prépare au cours des mois qui suivent à assumer une destinée hors du commun. À la fin de l'année 2375, il défie ainsi les Pah-wraiths (sorte de démons de la mythologie Bajorane qui sont le « pendant » négatif des Prophètes) et il s'aperçoit en rejoignant ces derniers (qui sont en fait un peuple dont sa propre mère, Sarah, était issue) que son apprentissage à leurs côtés ne fait que commencer tandis que son existence humaine est arrivée à son terme (même si la possibilité semble lui être laissée de revoir un jour ceux qui lui sont chers).
Mais qu′est-ce que c′est difficile de choisir tant ils sont tous attachants, chacun(e)pour leur personnalité propre.