La série Lost, créée par J.J. Abrams n'est pas en reste de références à l'Univers Star Trek, avant même que celui-ci ne prenne en charge la réalisation de Star Trek XI.

Le terme de « redshirts » pour faire référence aux personnages secondaires parmi les survivants du Vol 815 a été développé par les fans et débattu avec Damon Lindelof.


Les Démons intérieurs: Boone parle de Star Trek à Locke (ironique puisque Terry O'Quinn, qui joue Locke, a été une guest star dans La nouvelle génération où il incarnait l'amiral Eric Presman dans l'épisode "Le Pegasus".

Born to Run: Sawyer appèle Jin « Sulus ». Référence directe à Icaru Sulu

The Beginning of the End: Sawyer appèle Desmond « Scotty ». Une Référence à Montgomery Scott.

This Place Is Death: * Charlotte lance sur le ton de la plaisanterie qu'elle parle le Klingon (en plus du Koréen).

* In "What Kate Does" Dogen has a baseball placed on his desk. In Deep Space Nine, Benjamin Sisko, the commander of the station, used to have a baseball prominently placed on his desk throughout the entire run of the show. In the pilot episode, he used the baseball as a metaphor to explain the nature of linear time to the inhabitants of the wormhole, who experienced time all at once.

Lors de la diffusion américaine de l'épisode "The Variable", l'intertitre LOST se retrouve d'un coup au milieu d'étoiles, avec le vaisseau Enterprise traversant le O. 
Loin du clin d'oeil, cette séquence n'a eu pour but que de faire la promotion du nouveau film de J.J. Abrams.

* A life-size poster of Captain Kirk is visible in Damon Lindelof's office in the Season 3 DVD extra "Lost in a Day", at the "4:39 pm Los Angeles" segment.

* Damon Lindelof said in the Season 4 commentary that the finale of Star Trek: The Next Generation, "All Good Things", was a big influence on the episode The Constant.