L'USS Enterprise et son équipage arrivent à proximité de la planète Omega IV et les senseurs détectent un autre vaisseau de la Fédération en orbite.  Il s'agit de l'USS Exeter, mais lorsque Uhura tente d'établir un contact, elle ne reçoit aucune réponse.  Kirk rassemble une équipe pour se téléporter sur l'Exeter afin de comprendre pourquoi l'équipage ne répond pas.  En arrivant sur place, les officiers ne peuvent que constater la mort de tout l'équipage, qui semble avoir été décimé par un virus.  Le docteur McCoy comprend, trop tard, que Kirk et ses hommes sont maintenant aussi contaminés.
Lorsque Kirk s'étonne de l'absence de Ronald Tracey, le capitaine de l'Exeter, il fait une recherche dans le données du vaisseau et apprend que Tracey a découvert, trop tard, que l'atmosphère de la planète Omega IV contenait un antivirus efficace contre la maladie qui a décimé l'Exeter.  Les officiers se téléportent alors sur la surface de la planète.  Ils sont capturés par des indigènes, appelé Kohms, et sont amenés devant leur chef, qui n'est autre que Ronald Tracey.  Accusé par Kirk d'avoir violé la Prime Directive en devenant le chef des primitifs, Tracey explique qu'il a fait cela pour protéger les Kohms des attaques d'une tribu sauvage, les Yangs.  Pour cela, il n'a pas hésité à utiliser son phaseur.  Il tente de convaincre Kirk du bien fondé de son action et il demande au capitaine de faire téléporter d'autres phaseurs de l'Enterprise.  Mais Kirk refuse toute ingérence et il n'accepte pas de coopérer.

En infériorité numérique, les Kohms ne peuvent pas repousser l'attaque des Yangs lorsque ces derniers prennent le village d'assaut.  Ils sont tous capturés et Kirk est emmené devant le chef de tribut des Yangs.  Il est stupéfait de découvrir dans la tente un vieil exemplaire de la Constitution des Etats Unis ainsi qu'un drapeau américain.  Il entend les Yangs réciter maladroitement les premiers mots de la Constitution et récite également la suite, gagnant instantanément le respect et l'admiration des Yangs.  Contactant l'Enterprise, il fait des recherches et fait l'hypothèse que les Kohms et les Yangs sont les descendants d'un vieux vaisseau de colonisation chinois, qui a quitté la Terre à la fin du 20ème siècle.
Au cours des siècles, ils ont reproduit la situation de Guerre Froide existant sur Terre lors de leur départ, créant les tribus des Kohms (dérivé du mot " communistes ") et les Yangs (dérivé du mot " Yankees ").  Parallèlement, Kirk pousse les deux tribus à cesser leur guerre et il fait arrêter le capitaine Tracey, pour violation de la Prime Directive.  Entre temps, le docteur McCoy a découvert que non seulement l'atmosphère de la planète inhibe le virus, mais elle le détruit totalement.  Débarrassés de cette menace, les membres d'équipage peuvent retourner sur l'Enterprise, emmenant Tracey avec eux pour qu'il soit jugé.