Alors qu'ils étudient la théorie de la création de l'univers, l'Enterprise est entrainé au centre de la galaxie.
Ils y rencontrent une créature d'apparence maléfique, se faisant appeler Lucien, qui emporte Kirk, Spock, Mc Coy sur une planète.
Megas-Tu est un monde qui fonctionne grâce à la magie. Grace à leurs pouvoirs, les Megans ont franchi les barrières de l'espace et du temps et ont visité la Terre dans le passé, mais ils en ont été chassés.

Soudain les Megans découvrent la présence d'êtres humains. L'équipage se retrouve projeté au XVIIe siècle, à Salem, accusé pour leur perfidie passée par le magicien Asmodeus.
Kirk parvient à convaincre les Megans que les hommes ont changé, mais Lucien, qui est en réalité Lucifer, est condamné au bannissement éternel, pour avoir aidé des humains, ce à quoi s'oppose Kirk. Il doit alors se défendre en utilisant de la magie. Après ce qui s'avère être une ultime épreuve pour tester la sincérité des humains, Asmodeus conclut un pacte d'amitié avec les humains.