En 2285, Kruge était commandant d'un oiseau de proie lors de la crise du projet Genesis. Il est responsable de la destruction de l'USS Grissom et de la mort du fils de James T. Kirk, Davis Marcus. Il détruisit aussi le transporteur sur lequel se trouvait Valkris qui était à la fois son espionne et son amante, préférant sacrifier la femme qu'il aimait plutôt que de risquer de voir la mission compromise.
Ayant pris connaissance de l'existence du dispositif Genesis, qui rappelons-le, était conçu pour créer la vie à partir de matière inerte, Kruge voulu s'en emparer et en faire une arme de destruction massive.
Il trouva la mort lors d'un affrontement avec Kirk qui le fit tomber d'une falaise sur la planète Genesis.
En mission pour inspecter un vaisseau Xindi abandonné sur une planète de jungle tropicale, Archer, Reed et Hoshi succombent à un virus qui mute leurs corps et leurs esprits en une forme de vie primitive, en fait celle des habitants depuis longtemps éteints de la planète.